Plot Ramachandran
Plot Ramachandran

Plot Ramachandran

Dalam biokimia, plot Ramachandran (juga dikenali sebagai plot Rama, rajah Ramachandran atau plot [φ,ψ]), pada asalnya dibangunkan pada tahun 1963 oleh G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan, dan V. Sasisekharan,[1] ialah satu cara untuk menggambarkan kawasan yang dibenarkan secara bertenaga bagi sudut dihedral tulang belakang ψ terhadap φ sisa asid amino dalam struktur protein. Rajah di sebelah kiri menggambarkan takrifan sudut dihedral φ dan ψ tulang belakang[2] (dipanggil φ dan φ' oleh Ramachandran). Sudut ω pada ikatan peptida biasanya 180°, kerana perilaku ikatan ganda dua separa mengekalkan sifat planar peptida.[3] Rajah di bahagian atas sebelah kanan menunjukkan kawasan konformasi tulang belakang φ,ψ yang dibenarkan daripada pengiraan sfera keras Ramachandran et al. pada 1963 dan 1968: jejari penuh dalam garis besar pepejal, jejari dikurangkan dalam putus-putus dan sudut tau (N-Cα-C) rehat dalam garis putus-putus.[4] Oleh kerana nilai sudut dihedral adalah bulat dan 0° adalah sama dengan 360°, tepi plot Ramachandran "membalut" dari kanan ke kiri dan bawah ke atas. Sebagai contoh, jalur kecil nilai yang dibenarkan di sepanjang tepi kiri bawah plot ialah kesinambungan kawasan rantaian lanjutan yang besar di sebelah kiri atas.